Le LCAR est né en 1992 sous l’impulsion du Ministère et du CNRS qui souhaitaient développer sur le campus toulousain une activité expérimentale de physique atomique, moléculaire et des agrégats, en attirant des personnes de la région parisienne et de Lyon pour renforcer le Laboratoire des collisions atomiques de Toulouse. Il a été successivement dirigé par Pierre Benoit-Cattin (1992-1995), Jacques Vigué (1996-2004 ; 2008-2012), Bertrand Girard (2005-2008), Béatrice Chatel (2013-2014) et Jean-Marc L’Hermite (2014-...).